2004年12月19日の加古川線全線電化に伴い播但線と同様ワンマン運転対応の2両編成が投入された。網干総合車両所加古川派出所に8編成が配置されたが、多くの変更が加えられたので新たに3550番台となった。
改造工事は吹田工場と下関車両センターで行われたが、両者には床面ビニールクロスの色や妻面部分化粧板の固定方法等細かい部分での変化がある。電化開業に先駆けて落成したので登場からしばらくは網干駅や網干総合車両所等に留置されていた。3500番台と同様比較的分割併合の多い路線で運用されるが、どちらも電気連結器は未装備である。
3500番台ではクモハ103形のユニットの反対側のモハ102形に運転台が設置されて編成が組まれたが、本区分では体質改善40N工事施工済のMM'ユニットが種車となった。この時期に体質改善化された車両は30Nに移行していた上に3500番台に改造されずに残っているクモハ103形ユニットは車齢が高く更に前面形状を変更することから既存の運転台がそのまま使えなかった事情があった。
種車は森ノ宮電車区・奈良電車区の編成からMM'ユニットを抜き取って両端に運転台を設置した。運転台の形状は従来の改造車から大幅に変更され、前照灯を窓下に配置したり、連結運転時には通り抜けができるように貫通扉を設置し、105系に近いデザインとなった。この改造は同時期に改造されたクモハ115形1600番台との共通点が見られる。
クモハ103形3550番台
モハ103形0番台を先頭車化した谷川方制御電動車。一部は運転台上部に冬期架線霜取用のパンタグラフが増設されている。
モハ103-659・660・714・715・726・728・730・731→クモハ103-3551 - 3558
クモハ102形3550番台
モハ102形0番台を先頭車化した加古川方制御電動車。同社の本形式で初めて様式車椅子非対応トイレを設置した。
モハ102-815・816・870・871・882・884・886・887→クモハ102-3551 - 3558